As contas referentes aos exercício de 2009 da Universidade Federal do Piauí, sob responsabilidade do reitor Luiz de Sousa Santos Júnior, foram aprovadas pelo Tribunal de Contas da União (TCU). As prestações de contas relativas aos anos de 2004, 2005, 2006, 2007 e 2008 também já haviam sido aprovadas pelo órgão. O exercício de 2011 passa por auditoria da Controladoria Geral da União (CGU) e o Certificado de Auditoria com a aprovação regular das contas examinadas do exercício de 2010 já foi emitido.
Anualmente, os órgãos de controle da Administração Pública (AP), como o TCU e a CGU, verificam a aplicação de dinheiro público através da prestação de contas das entidades que a compõem. O TCU é o órgão auxiliar do Congresso Nacional no exercício do controle externo e cabe a ele julgar o Processo de Contas Anuais dos administradores e demais responsáveis pela gestão de dinheiro e bens públicos.
A CGU é órgão do Poder Executivo Federal responsável por analisar os atos e fatos da gestão dos administradores públicos federais. Após a fiscalização das contas, a CGU emite o Certificado de Auditoria que serve de instrumento para o processo de prestação de contas julgados pelo TCU.
Na Universidade Federal do Piauí, o Certificado de Auditoria segue para análise do Ministro da Educação. Com base no Relatório e Certificado de Auditoria da CGU, o Ministro emite o Pronunciamento Ministerial no qual atesta o conhecimento das conclusões dos relatórios e encaminha o Processo de Contas Anual para julgamento no TCU.